SEO を考える前に、と言いますか、SEO の対極に在るものを考えていない企業や人が多過ぎるように思います。最悪のケースはGoogle にインデックスされない、あるいは意図して自然検索の結果から外されるというパターンです。

いくつかの原因は考えられるのですが、今回はその中から２つピックアップしてみます。

まず、Google のガイドラインに違反してペナルティーとしてインデックスされない場合。特にspam 行為等で悪質な場合は、二度とそのサイトが出てくる事は無いでしょう。(悪質でなければ回復する手段は有るのですが、手間の掛かる話である事は確かです。)
悪質とは言えないまでも、困った事に既存のクライアント様でも意識が低く「デザイン的に格好悪くなるから、文字が画面上に出ないように仕込んでくれ」等の話が出たりします。こういった行為は慎むべきですし、今現在はペナルティーになっていないCSS の「textindent:-9999px」といった行為も将来はどのように判断されるかは保証されるものではありません。

ホームページの制作や運営は、ユーザビリティーという言葉が在るように、運営や製作者ではなく、ユーザー本意でなくてはならないのです。Google のガイドラインについては、誰でも閲覧する事が出来ます。

次に、これは大学や官公庁ですら攻撃を撃退できていないので避けるのは非常に難しいのですが、ウィルス等のセキュリティーに問題が有る場合。最初のうちは検索結果に表示だけはされるのですが「このサイトはコンピュータに損害を与える可能性があります。」とオマケが付きます。当然ですが、クリックしてもアクセス出来ません。

最近は有難い事に、VeriSign (ベリサイン) のセキュア・サーバID 以上を導入していれば、マルウェアスキャン(マルウェア：悪意のあるソフトウェアや悪質なコードの総称)を毎日行ってくれるので比較的安心です。(例えばセキュア・サーバIDの場合、毎日上層より200ページをチェックして、異常が有ればWeb マスターにメール通知してくれます。)

いずれにしても、「誰の為のホームページか」の問の答えは常に「ユーザーの為のホームページ」なのです。